ببتيدات مكافحة الشيخوخة وهندسة البروتين
✓ 已验证إيجاد جزيئات مكافحة الشيخوخة في الفضاء ثلاثي الأبعاد · 100% أدوات منشورة ومُتحقق منها
تنبؤ ثلاثي المحركات لبنية الهدف ثلاثية الأبعاد ← إرساء جزيئي + حساب الألفة ← تصميم الطي العكسي للببتيد ← فحص مزدوج للاستقرار + المناعية. خط أنابيب من 4 خطوات مع جميع الأدوات منشورة ومُتحقق منها، من Protenix V2 إلى MHCflurry، 38 نموذج SOTA يعمل محلياً.
اقرأ "القدرة الأساسية" و"المعايير" أدناه—قيّم قدرتنا على الفحص الجاف لمكافحة الشيخوخة ودقته.
ركز على "التمييز" و"خطوات خط الأنابيب" و"المسرد"—قيّم التمييز في الفحص الحسابي على المستوى الجزيئي.
ركز على "التمييز" و"المعايير" و"تتبع القدرات"—قيّم حواجز نماذج هندسة البروتين.
ما هو فحص البروتين/الببتيد
تطوير ببتيدات مكافحة الشيخوخة هو في جوهره إيجاد جزيئات في الفضاء ثلاثي الأبعاد ترتبط ببروتينات الهدف بدقة. الأساليب التقليدية تعتمد على الفحص الرطب عالي الإنتاجية—دورات طويلة، تكاليف عالية، معدلات إصابة منخفضة. الفحص الحسابي الجاف يستخدم الذكاء الاصطناعي للتنبؤ ببنية البروتين المستهدف ثلاثية الأبعاد، ثم يحاكي الإرساء الجزيئي في السيليكو، وأخيراً يستخدم تصميم الطي العكسي لتوليد تسلسلات ببتيدية مرشحة—ضاغطاً عبء العمل الرطب بدرجات من الرتبة.
DiVo يستخدم ثلاثة محركات تنبؤ بنية مستقلة للتحقق المتبادل—Protenix V2 وESMFold وBoltz-2—لا يدخل خط الأنابيب اللاحق إلا عندما pLDDT>90. من الإرساء والتصميم إلى فحص المناعية، خط أنابيب من 4 خطوات مع 100% أدوات منشورة، 38 نموذج SOTA يعمل محلياً.
نموذج تنبؤ بنية واحد قد يؤدي بشكل مختلف عبر أنواع البروتين. ثلاثة محركات مستقلة تتنبأ معاً، لا يدخل خط الأنابيب اللاحق إلا عندما pLDDT>90—يغطي مبادئ نمذجة مختلفة وفضاءات بنيوية، لضمان نقاط انطلاق موثوقة للإرساء والتصميم اللاحق.
تصميم الببتيد التقليدي يعتمد على مكتبات تجريبية وطفرات عشوائية، مع كفاءة محدودة وفضاء بحث محدود. ProteinMPNN/LigandMPNN يشتقان التسلسلات المثلى من جيوب الارتباط ثلاثية الأبعاد بشكل عكسي—بإعطاء بنية، إيجاد التسلسل، توليد مرشحين ذوي ألفة عالية مباشرة.
دور DiVo Gen²AI
فحص البروتين/الببتيد هو المخرج الأساسي لـ خط الأنابيب B في خدمة DiVo رباعية الأبعاد، وخطوة رئيسية في تطوير أبحاث مكافحة الشيخوخة لعلامات العناية الوظيفية بالبشرة لـ الفحص الحسابي الجاف من الهدف إلى الجزيئات المرشحة. نقدم حوسبة شاملة من التنبؤ بالبنية ثلاثية الأبعاد إلى ببتيدات مرشحة آمنة—تحقق متبادل ثلاثي المحركات، إرساء جزيئي، تصميم طي عكسي، فحص مزدوج للاستقرار + المناعية، كل 4 خطوات بأدوات منشورة.
لا نقوم بالتحقق الرطب (الشركاء العلامات التجارية يؤكدون بعد الفحص الجاف)، لا نقوم بإرساء إنتاج GMP (نوفر التسلسلات + معايير مراقبة الجودة)، لا نضمن النشاط في الجسم الحي (الإرساء في السيليكو لا يساوي الفعالية في الجسم الحي). نسلّم تسلسلات ببتيدية مرشحة ومعايير مراقبة الجودة جاهزة للتحقق الرطب من قبل شركاء العلامات التجارية.
القدرة الأساسية · خط أنابيب من 4 خطوات
خط الأنابيب B · فحص البروتين/الببتيد · جميع الأدوات منشورة ومُتحقق منها
التمييز
الاختلافات الجوهرية عن خطوط أنابيب هندسة البروتين بمحرك واحد/غير المنشورة
Pro-Prime يحل محل FoldX—استقرار SOTA
لم نعد نستخدم FoldX لعام 2005 (دقة 65-70%)، بل ننشر Pro-Prime+ProSST للتنبؤ بـ ΔΔG. DDGun (قائم على الفيزياء) كمرجع أساسي—إذا اختلف Pro-Prime وDDGun، فإن ذلك يشير إلى هلوسة النموذج.
BoltzGen 5 أوزان كاملة—تصميم كامل الذرات
أوزان BoltzGen 5 (7.9G) محملة بالكامل، 529 مليون معامل. boltz2_aff.ckpt هو الأساس المعماري لتنبؤ ألفة DiVoPPIHead. قدرة تصميم الانتشار كامل الذرات جاهزة.
87 أداة كاملة المكدس بدون استثمار إضافي
من التنبؤ بالبنية إلى تصميم الببتيد إلى تقييم المناعية إلى تصميم توصيل mRNA، 87 أداة جميعها منشورة محلياً. لا حاجة لانتظار شراء أو نشر إضافي.
المعايير
معايير النماذج وحالة النشر
| المقياس | القيمة | الملاحظة |
|---|---|---|
| Protenix V2 pLDDT | 95.4 | دقة التنبؤ بالبنية |
| BoltzGen | 5 أوزان 7.9G كاملة | تصميم انتشار كامل الذرات، 529M معامل (boltz2_aff) |
| Pro-Prime ΔΔG | SOTA | يحل محل FoldX (2005) كأداة التنبؤ بالاستقرار الرئيسية |
| ProteinMPNN | >52% | معدل استعادة التسلسل (معيار مرجعي) |
| الفحص الأولي للمناعية | AUROC=0.7547 | MHCflurry+NetMHCpan (معيار TESLA) |
| الأدوات المنشورة | 87 | توطين كامل للأدوات عبر ثلاثة مشاريع قمرية |
الحدود الصريحة
ما نستطيعه وما لا نستطيعه، مذكور بوضوح
ما نستطيعه
ما لا نقوم به
المسرد
7 مصطلحات أساسية في فحص البروتين/الببتيد
| الاختصار | الاسم الكامل | الترجمة | الشرح |
|---|---|---|---|
| pLDDT | predicted Local Distance Difference Test | اختبار فرق المسافة المحلي | مقياس ثقة نموذج عائلة AlphaFold، 0-100، >90 يشير إلى بنية عالية الموثوقية |
| ΔΔG | Delta Delta G | تغير طاقة الارتباط الحرة | مقياس يقيس قوة ارتباط البروتين-الليجاند، ΔΔG أكثر سلبية = ارتباط أقوى. Pro-Prime هو المتنبئ SOTA الحالي |
| Pro-Prime | Pro-Prime | SOTA للتنبؤ باستقرار البروتين | نموذج تنبؤ بالاستقرار من الجيل التالي يحل محل FoldX (2005، دقة 65-70%)، دقة محسنة بشكل كبير |
| BoltzGen | BoltzGen | تصميم بروتين الانتشار كامل الذرات | نموذج تصميم بروتين مفتوح المصدر من MIT، 5 أوزان (7.9G) كاملة. boltz2_aff يحتوي على AffinityModule بـ 529M معامل |
| ProteinMPNN | Protein Message Passing Neural Network | شبكة تمرير الرسائل البروتينية | نموذج تصميم الطي العكسي للبروتين، يولد تسلسلات أحماض أمينية مثالية من الهياكل الخلفية ثلاثية الأبعاد، استعادة >52% |
| GEMORNA | GEMORNA | نموذج تصميم تسلسل mRNA | نموذج تصميم mRNA الدقيق ذاتياً من DiVo، مقترن بتنبؤ استقرار RNALens + تحسين UTRGAN لـ UTR |
| MMP | Matrix Metalloproteinase | ميتالوبروتيناز المصفوفة | عائلة إنزيمات داخلية تعتمد على الزنك، تستخدم عادة كهدف في فحص ببتيدات مكافحة الشيخوخة، تنظم تدهور ECM |
CAPACITY TRACE
能力回溯
这项服务由哪些能力支撑——从硅片到你的场景
硅片(L1) → 模型(L2) → Agent(L3) → 管线(L4) → 你的场景