Prédiction de Structure pMHC 3D
✓ 已验证Module de pipeline maison DiVo · Rapport de capacité technique externe (anonymisé)
Step 5 module unique auto-développé du pipeline néoantigène 8 étapes de DiVo Gen²AI. Les pipelines traditionnels s'arrêtent aux valeurs d'affinité ; DiVo construit des structures pMHC 3D au niveau atomique pour chaque candidat, avec validation croisée maison--confiance maximale 95.4, score global du complexe 0.977, approchant la précision de cristallographie aux rayons X. 400+ complexes validés à grande échelle. Cette page sert trois audiences : patients et public souhaitant comprendre pMHC, équipes CAR-T/néoantigène cherchant des partenaires de prédiction de structure, investisseurs et pairs évaluant les capacités techniques.
Lisez « Qu'est-ce que la Structure pMHC » ci-dessous--comprenez pourquoi les valeurs d'affinité ne suffisent pas, les structures 3D sont aussi nécessaires.
Focus sur « Rôle de DiVo », « Pipeline 3 étapes », « Preuves »--nous avons 400+ données réelles de complexes.
Focus sur « Différenciation », « Benchmarks », « Glossaire »--évaluez la barrière technique de la prédiction de structure pMHC.
La prédiction de structure pMHC est une étape de différenciation centrale pour les services phares suivants
Qu'est-ce que la Prédiction de Structure pMHC
Dans le pipeline néoantigène tumoral, la prédiction de liaison MHC donne des valeurs d'affinité--des métriques quantitatives de liaison peptide-molécule MHC. Une affinité plus forte signifie théoriquement plus de chances de reconnaissance par les cellules T. Mais les valeurs d'affinité ne vous disent que "ils se lient", pas "comment ils se lient".
La conformation spatiale d'un peptide intégré dans le sillon MHC détermine s'il peut être présenté stablement à la surface cellulaire et correctement reconnu par le TCR. Les peptides qui atteignent les seuils d'affinité mais ont des conformations spatiales instables--des "clés tordues" dans le sillon--sont des faux positifs que le système immunitaire ne verrait jamais in vivo.
La prédiction de structure pMHC 3D construit des modèles 3D complets au niveau atomique de "complexes peptide-MHC" pour chaque peptide candidat, valide la crédibilité conformationnelle avec des métriques de confiance, puis validation croisée pour éliminer les faux positifs. Ce n'est pas juste de la visualisation--c'est un changement qualitatif de "peut lier" à "présentation confirmée".
Les valeurs d'affinité ne répondent qu'à "ils se lient", pas à "comment ils se lient". Les peptides avec des conformations spatiales instables sont des faux positifs--l'affinité passe mais la conformation est faussée, ne sera pas présenté stablement.
Une seule prédiction peut surajuster. Prédiction de structure + validation croisée de stabilité conformationnelle, deux points de contrôle filtrant couche par couche, garantissant que les candidats restants sont véritablement crédibles au niveau atomique.
Le Rôle de DiVo Gen²AI
La prédiction de structure pMHC est Step 5 du pipeline néoantigène 8 étapes de DiVo, et CT5 capacité centrale du pipeline CAR-T 5 étapes. Nous complétons la boucle complète de la prédiction de structure à la validation croisée--validant la crédibilité conformationnelle, éliminant les faux positifs, avec les scores de structure participant directement au classement d'immunogénicité à 25% de poids. Ce n'est pas de l'assemblage d'outils tiers, mais une boucle de capacité complète orchestrée par pipeline maison.
Les détails d'implémentation sous-jacents--y compris l'architecture du modèle, la chaîne d'outils, les poids maison et la logique de planification--ne sont pas divulgués dans ce rapport, disponibles sous cadre de coopération selon les besoins.
Capacité Centrale · Pipeline 3 Étapes
Des peptides candidats à la validation conformationnelle boucle de prédiction de structure · Cliquez sur les étapes pour voir la validation sous-jacente
Entrée Peptides Candidats
✓ 已验证->Reçoit la sortie de prédiction de liaison MHC
Liste de peptides candidats qualifiés par affinité
Prédiction Structure pMHC 3D
✓ 已验证Moteur de prédiction de structure maison DiVo (Protenix)
Structure pMHC 3D complète au niveau atomique + pLDDT/ipTM
Validation Croisée Stabilité Conformationnelle
✓ 已验证Moteur de validation maison DiVo
Élimine les faux positifs conformationnellement instables
Différenciation
Différences clés avec les pipelines traditionnels "valeurs d'affinité uniquement"
Structure 3D au Niveau Atomique Remplace le Jugement par Valeur Pure
Les pipelines traditionnels s'arrêtent aux valeurs d'affinité pour le jugement de liaison, ne connaissant pas la conformation spatiale des peptides dans le sillon MHC. DiVo construit des structures pMHC 3D au niveau atomique pour chaque candidat, validant la crédibilité conformationnelle avec des métriques de confiance--un changement qualitatif de "peut lier" à "présentation confirmée".
Score de Structure Participe au Classement d'Immunogénicité
Pas juste de la visualisation ; les scores de structure pMHC participent directement au classement d'immunogénicité à 25% de poids. Les faux positifs avec affinité suffisante mais conformations instables sont éliminés au niveau structurel, réduisant les expériences en aval invalides.
Modules de Capacité Maison DiVo
Capacités fonctionnelles · Toutes vérifiées
| Module de Capacité | Moteur Sous-jacent | Description de Fonction | Statut |
|---|---|---|---|
| Prédiction Structure pMHC 3D | Moteur de prédiction de structure maison DiVo | Sortie de structure 3D complète au niveau atomique du complexe peptide-MHC, avec métriques de confiance, validant la crédibilité conformationnelle spatiale | ✓ 已验证 |
| Validation Croisée Stabilité Conformationnelle | Moteur de validation maison DiVo | Validation croisée des résultats de prédiction de structure, éliminant les faux positifs avec affinité suffisante mais conformation spatiale instable | ✓ 已验证 |
| Prédiction à Grande Échelle de Complexes Multi-chaînes | Planificateur de prédiction par lots maison DiVo | Supporte la prédiction par lots de systèmes complexes peptide-récepteur, tétramère+substrat, validé à grande échelle, pas juste des démos ponctuelles | ✓ 已验证 |
Trois modules de capacité forment ensemble la boucle de capacité complète de prédiction de structure pMHC de DiVo : la prédiction de structure donne la conformation -> la validation croisée élimine les faux positifs -> la planification à grande échelle soutient la livraison par lots en conditions réelles. Les modules sont orchestrés par le pipeline maison de DiVo, pas un assemblage d'outils tiers.
Preuves · Structures pMHC
Séquences peptidiques anonymisées · Métriques de confiance sont des valeurs mesurées
| Complexe | Source Antigène | Confiance | Score Global Complexe |
|---|---|---|---|
| HLA-A*02:01 + candidate peptide ① | HTLV-1 Tax | 95.4 | 0.977 |
| HLA-A*02:01 + candidate peptide ② | WT1 | 94+ | 0.96+ |
| HLA-A*02:01 + candidate peptide ③ | WT1 | 94+ | 0.96+ |
| HLA-A*02:06 + candidate peptide ④ | MAGE-A1 | 94+ | 0.96+ |
| HLA-A*02:06 + candidate peptide ⑤ | HTLV-1 Tax | 94+ | 0.96+ |
Les séquences peptidiques candidates des 5 structures pMHC ci-dessus ont été anonymisées (numérotées ①-⑤), les sources antigéniques sont conservées pour la référence croisée de crédibilité. Les métriques de confiance sont toutes des valeurs mesurées, non simulées.
Preuves · Validation à Grande Échelle
Échelle au niveau projet généralisée et anonymisée
| Métrique | Valeur | Note |
|---|---|---|
| Projets réels à grande échelle | 千级突变 × 多版迭代 | Validation croisée multi-projets |
| Prédiction par lots de complexes | 400+ 复合物 | Confiance maximale 95.4 |
| Confiance de structure | 95.4 | Approchant la précision de cristallographie aux rayons X |
| Score global du complexe | 0.977 | Fiabilité au niveau atomique |
| Validation croisée | 通过 | Validation de stabilité conformationnelle terminée |
Limites Honnêtes
Ce que nous pouvons et ne pouvons pas faire, clairement
Ce Que Nous Pouvez Faire
Ce Que Nous Ne Faisons Pas
Glossaire
5 termes clés de la prédiction de structure pMHC
| Abrév. | Nom Complet | Traduction | Explication |
|---|---|---|---|
| pMHC | peptide-MHC complex | Complexe peptide-MHC | Complexe peptide antigénique présenté par les molécules MHC, cible de la reconnaissance par les cellules T |
| pLDDT | predicted Local Distance Difference Test | Test de Différence de Distance Local Prédit | Métrique de confiance de prédiction de structure, >90 est haute confiance, 95.4 approche la précision de cristallographie aux rayons X |
| ipTM | interface predicted TM-score | Score TM d'Interface Prédit | Confiance d'interaction d'interface de complexe protéique, >0.75 est haute confiance |
| MHC | Major Histocompatibility Complex | Complexe d'Histocompatibilité Majeur | Le "panneau d'affichage" sur la surface cellulaire, présentant les fragments protéiques intracellulaires aux cellules T |
| 假阳性 | False Positive | Faux Positif | Peptides candidats avec valeurs d'affinité suffisantes mais conformations spatiales instables, non réellement présentés stablement |
CAPACITY TRACE
能力回溯
这项服务由哪些能力支撑——从硅片到你的场景
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