pMHC 3D 構造予測
✓ 已验证DiVo 自研パイプラインモジュール · 対外技術能力レポート（匿名化版）
DiVo Gen²AI 新生抗原8ステップパイプラインの Step 5 自研独有モジュール。伝統的パイプラインは親和力数値による結合判定で止まるが、DiVo は各候補新抗原に対し原子レベル pMHC 三次元構造を構築し、自研方法で交叉検証--最高信頼度 95.4、複合体全体スコア 0.977、X線結晶学精度に迫る。400+ 複合体の規模化実戦検証。本ページは3つの読者向け：pMHC を理解したい患者と公衆、構造予測パートナーを探す CAR-T/新抗原チーム、技術力を評価する投資家と同行。
下の「pMHC 構造とは」をお読みください--親和力数値だけでは不十分で、三次元構造も必要な理由を理解。
「DiVoの役割」「3ステップパイプライン」「検証エビデンス」を重点に--400+ 複合体の実戦データあり。
「差別化」「検証指標」「用語集」を重点--pMHC 構造予測の技術障壁を評価。
pMHC 構造予測は以下の旗艦サービスの核心差別化ステップ
pMHC 構造予測とは
腫瘍新生抗原パイプラインにおいて、MHC 結合予測が与えるのは親和力数値--ペプチドと MHC 分子の結合の定量化指標。親和力が強いほど理論上 T 細胞に認識されやすい。しかし親和力数値は「結合した」ことしか教えず、「どう結合したか」は教えない。
ペプチドが MHC 溝に嵌入する空間構型は、細胞表面に安定して提示されるか、TCR に正しく認識されるかを決定する。親和力基準を満たすが空間構型が不安定なペプチド--溝の中の「曲がった鍵」--は偽陽性であり、in vivo では免疫系に認識されない。
pMHC 三次元構造予測は各候補ペプチドに対し「ペプチド-MHC 複合体」の全原子三次元モデルを構築し、信頼度指標で構型信頼性を検証し、交叉検証で偽陽性を排除する。これは付加的な可視化ではなく--「結合する可能性」から「提示を確認」への質的変化である。
親和力数値は「結合した」ことしか答えず、「どう結合したか」は答えない。空間構型が不安定なペプチドは偽陽性--親和力は基準を満たすが構型が歪み、安定して提示されない。
単一予測は過学習の可能性がある。構造予測 + 構型安定性交叉検証、二重の関門で層層フィルタリングし、残った候補が原子レベルで真に信頼できることを確保。
DiVo Gen²AI の役割
pMHC 構造予測は DiVo 新生抗原8ステップパイプラインのStep 5であり、CAR-T 5ステップパイプラインのCT5 核心能力でもある。構造予測から交叉検証までの完全閉ループを完成--構型信頼性を検証し、偽陽性を排除し、構造スコアが25%の重みで免疫原性ランキングに直接参加。これは第三者工具の接合ではなく、自研パイプライン編成の完全能力閉ループ。
基盤実装の詳細--モデルアーキテクチャ、工具チェーン、自研ウェイトとスケジューリングロジックを含む--は本レポートの開示範囲外、協力框架の下で必要に応じて対応可能。
コア能力 · 3ステップパイプライン
候補ペプチドから構型検証までの構造予測閉ループ · ステップをクリックで基盤検証を閲覧
候補ペプチド入力
✓ 已验证->MHC 結合予測産出を継承
親和力基準合格候補ペプチドリスト
pMHC 三次元構造予測
✓ 已验证DiVo 自研構造予測エンジン (Protenix)
全原子 pMHC 3D 構造 + pLDDT/ipTM
構型安定性交叉検証
✓ 已验证DiVo 自研検証エンジン
構型不安定偽陽性を排除
差別化優勢
伝統的「親和力数値のみ」パイプラインとの核心的区別
原子レベル 3D 構造が純数値判定を代替
伝統的パイプラインは親和力数値による結合判定で止まり、ペプチドの MHC 溝内空間構型を知らない。DiVo は各候補に対し原子レベル pMHC 三次元構造を構築し、信頼度指標で構型信頼性を検証--「結合する可能性」から「提示を確認」への質的変化。
構造スコアが免疫原性ランキングに参加
可視化だけでなく、pMHC 構造スコアが25%の重みで免疫原性ランキングに直接参加。親和力基準合格だが空間構型が不安定な偽陽性を構造レベルで排除し、下流の無効実験を減少。
DiVo 自研能力モジュール
機能的能力項目 · 全て検証済み
| 能力モジュール | 基盤エンジン | 機能説明 | 状態 |
|---|---|---|---|
| pMHC 三次元構造予測 | DiVo 自研構造予測エンジン | ペプチド-MHC 複合体全原子 3D 構造を出力、信頼度指標を含み、空間構型信頼性を検証 | ✓ 已验证 |
| 構型安定性交叉検証 | DiVo 自研検証エンジン | 構造予測結果に交叉検証を行い、親和力基準合格だが空間構型が不安定な偽陽性を排除 | ✓ 已验证 |
| 多鎖複合体規模化予測 | DiVo 自研バッチ予測スケジューラ | ペプチド-受容体、四量体+基質等の複雑体系バッチ予測をサポート、規模化実戦済み、単点デモではない | ✓ 已验证 |
三つの能力モジュールが共同で DiVo pMHC 構造予測の完全能力閉ループを構成：構造予測が構型を提供 -> 交叉検証が偽陽性を排除 -> 規模化スケジューリングが実戦バッチ納品を支援。モジュール間は DiVo 自研パイプライン編成で接続、第三者工具の接合ではない。
検証エビデンス · pMHC 構造
ペプチド配列は匿名化済み · 信頼度指標は実測値
| 複合体 | 抗原由来 | 信頼度 | 複合体全体スコア |
|---|---|---|---|
| HLA-A*02:01 + candidate peptide ① | HTLV-1 Tax | 95.4 | 0.977 |
| HLA-A*02:01 + candidate peptide ② | WT1 | 94+ | 0.96+ |
| HLA-A*02:01 + candidate peptide ③ | WT1 | 94+ | 0.96+ |
| HLA-A*02:06 + candidate peptide ④ | MAGE-A1 | 94+ | 0.96+ |
| HLA-A*02:06 + candidate peptide ⑤ | HTLV-1 Tax | 94+ | 0.96+ |
上記5つの pMHC 構造の候補ペプチド配列は匿名化済み（番号 ①-⑤）、抗原由来は信頼度対照のために保留。信頼度指標は全て実測値、シミュレーション産出ではない。
検証エビデンス · 規模化実戦
プロジェクトレベル規模は汎用匿名化済み
| 指標 | 値 | 説明 |
|---|---|---|
| 規模化実戦プロジェクト | 千级突变 × 多版迭代 | 多プロジェクト交叉検証 |
| 複合体バッチ予測 | 400+ 复合物 | 最高信頼度 95.4 |
| 構造信頼度 | 95.4 | X線結晶学精度に迫る |
| 複合体全体スコア | 0.977 | 原子レベル信頼性 |
| 交叉検証 | 通过 | 構型安定性検証完了 |
誠実な境界
できることとできないこと、すべて明記
できること
明確にしないこと
用語集
pMHC 構造予測分野の核心5用語
| 略称 | フルネーム | 訳語 | 解説 |
|---|---|---|---|
| pMHC | peptide-MHC complex | ペプチド-MHC 複合体 | MHC 分子が提示する抗原ペプチド複合体、T 細胞認識の標的 |
| pLDDT | predicted Local Distance Difference Test | 局所距離差異テスト予測スコア | 構造予測の信頼度指標、>90 が高信頼、95.4 は X線結晶学精度に迫る |
| ipTM | interface predicted TM-score | 界面予測 TM スコア | タンパク質複合体界面相互作用信頼度、>0.75 が高信頼 |
| MHC | Major Histocompatibility Complex | 主要組織適合性複合体 | 細胞表面の"展示板"、細胞内タンパク質フラグメントを T 細胞に提示 |
| 假阳性 | False Positive | 偽陽性 | 親和力数値は基準合格だが空間構型が不安定、実際は安定して提示されない候補ペプチド |
CAPACITY TRACE
能力回溯
这项服务由哪些能力支撑——从硅片到你的场景
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