Calcul de Thérapie Cellulaire CAR-T

Découverte de cibles double canal + conception de Binder de novo + validation de structure 3D pMHC

Pipeline de calcul à sec en 5 étapes--du typage HLA + détection de variants à la conception de Binder de novo + validation de structure. Dépasse les limites traditionnelles des scFv, utilisant l'AI pour concevoir des protéines Binder de novo, validé par Nature BME 2024.

3-5 semaines200K-800K/projetCouverture de Capacité 85%

Flux du Pipeline

Boucle de calcul à sec de bout en bout

CT1 Typage HLA + Détection de Variants

OptiType + Polysolver double outil typage HLA-I 4 chiffres + GATK Mutect2 variants somatiques + annotation VEP/ANNOVAR

CT2 Criblage de Néoantigènes + Minage d'Antigènes de Surface

MHCflurry(14,883 alleles) criblage de néoantigènes + pVACseq + Salmon/DESeq2 minage d'expression différentielle de protéines membranaires spécifiques des tumeurs

CT3 Évaluation d'Immunogénicité Toutes Dimensions

Score à 5 dimensions(affinité30%+présentation20%+traitement10%+immunogénicité15%+structure25%) + faisabilité de reconnaissance DeepTCR

CT4 Conception de Binder CAR de novo

PXDesign + RFdiffusion + ProteinMPNN conception de séquences candidates de Binder de novo

CT5 Validation de Structure + Score

Protenix(pLDDT/ipTM) + Protenix-Dock + PXMeter structure de complexe au niveau atomique + score de docking

Outils Principaux

OptiTypePolysolverGATK Mutect2VEPANNOVARMHCflurrypVACseqSalmonDESeq2RFdiffusionProteinMPNNPXDesignProtenixProtenix-DockPXMeter

Avantages Clés

Découverte de Cibles Double Canal

Criblage de néoantigènes VCF + expression différentielle RNA-seq double canal validation croisée, dépassant les limites mono-canal

Conception de Binder de novo

RFdiffusion + ProteinMPNN conception de Binder de novo, dépassant les goulots d'affinité et de stabilité des scFv

Validation de Structure 3D pMHC

Protenix validation de structure au niveau atomique (pLDDT=95.4, ipTM=0.977), réduisant les faux positifs

Couverture de Capacité

85%

Synergie entre Pipelines

neoantigen -> CAR-T

Pipeline néoantigène CT1-CT3 -> découverte de cibles CAR-T

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pMHC -> CAR-T

Prédiction de structure pMHC -> CT5 validation de structure

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Explorer Plus de Pipelines

Ingénierie des Protéines

Conception de Système d'Édition Génique

Conception de Vaccin/Médicament mRNA

S4b

Oncologie de Précision

Criblage Virtuel de Médicaments AI

Développement de Flux Bioinformatique Personnalisé

HLA

Typage HLA

Rapport d'Interprétation du Génome

CROSS-LAYER

Capacités Sous-jacentes

L1 · Moteurs

Moteurs de prédiction de structure / docking / scoring

L2 · Modèles

11 dépôts de modèles de calcul à sec

L3 · Agents

Automatisation de l'orchestration multi-pipelines

USER SCENE

Comment Cette Technologie Sert les Patients

B2B2C : Via les hôpitaux/médecins, ce pipeline atteint ces scénarios utilisateur final

Thérapie Cellulaire CAR-T (C-end)

Lien croisé : page technique B-end ↔ page de scénario C-end

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