HLA

Typage HLA

Validation croisée double outil · résolution 4 chiffres

OptiType + Polysolver double outil fonctionnant indépendamment selon des principes différents, validation croisée du typage HLA-I à 4 chiffres. Service d'entrée pour le pipeline néoantigène Step 1 et le pipeline CAR-T CT1--un typage HLA incorrect invalide tout le pipeline en aval.

3-5 jours20K-50K/échantillonCouverture de Capacité 90%

Flux du Pipeline

Boucle de calcul à sec de bout en bout

QC des Données de Séquençage

FastQC + Trimmomatic contrôle qualité et nettoyage

Typage HLA-I OptiType

OptiType 1.5.0 typage HLA-I rapide basé sur RNA-seq/WES (résolution 4 chiffres)

Validation Croisée Polysolver

Polysolver v4 algorithme indépendant de typage HLA-I basé sur WES

Détermination de Consensus Double Outil

Logique de comparaison propriétaire DiVo, typage HLA final déterminé uniquement lorsque les deux outils sont d'accord + annotation de confiance

Outils Principaux

OptiType 1.5.0Polysolver v4FastQCTrimmomatic

Avantages Clés

Validation Croisée Double Outil

OptiType + Polysolver fonctionnent indépendamment selon des principes différents, les faux positifs/négatifs mono-outil sont éliminés par validation croisée

Résolution 4 Chiffres

Précis au niveau A*02:01, entrée nécessaire pour la prédiction de liaison MHC--le typage à 2 chiffres ne peut pas distinguer les différences d'affinité des sous-types