Predicción de estructura 3D de pMHC
✓ 已验证Módulo de pipeline propio de DiVo · Informe de capacidad técnica externa (versión anonimizada)
Módulo propio exclusivo del Paso 5 del pipeline de neoantígenos de 8 pasos de DiVo Gen²AI. Los pipelines tradicionales se detienen en la determinación de unión por valor de afinidad; DiVo construye una estructura tridimensional pMHC a nivel atómico para cada neoantígeno candidato, y realiza validación cruzada con métodos propios--confianza máxima 95.4, puntuación global del complejo 0.977, acercándose a la precisión de cristalografía de rayos X. Validación a escala de 400+ complejos. Esta página sirve a tres audiencias: pacientes y público que desean comprender pMHC, equipos de CAR-T/neoantígenos que buscan socios de predicción estructural, e inversores y colegas que evalúan capacidades técnicas.
Lea "Qué es la estructura pMHC" a continuación--comprenda por qué los valores de afinidad no son suficientes, y se necesita estructura tridimensional.
Enfóquese en "El rol de DiVo", "Pipeline de 3 pasos", "Evidencia de validación"--tenemos datos de 400+ complejos.
Enfóquese en "Diferenciación", "Benchmarks", "Glosario"--evalúe la barrera técnica de la predicción de estructura pMHC.
La predicción de estructura pMHC es el paso de diferenciación central de los siguientes servicios insignia
Qué es la predicción de estructura pMHC
En el pipeline de neoantígenos tumorales, la predicción de unión MHC proporciona valores de afinidad--indicadores cuantitativos de la unión entre péptido y molécula MHC. Mayor afinidad significa mayor probabilidad teórica de reconocimiento por células T. Pero los valores de afinidad solo dicen "se unieron", no pueden decir "cómo se unieron".
La configuración espacial del péptido insertado en el surco MHC determina si puede ser presentado establemente en la superficie celular y reconocido correctamente por el TCR. Péptidos con afinidad adecuada pero configuración espacial inestable--"llaves torcidas" en el surco--son falsos positivos, que en vivo no serán vistos por el sistema inmunológico.
La predicción de estructura tridimensional pMHC construye modelos tridimensionales de todos los átomos del "complejo péptido-MHC" para cada péptido candidato, verifica la credibilidad conformacional con indicadores de confianza, y luego realiza validación cruzada para excluir falsos positivos. Esto no es una visualización decorativa--es un cambio cualitativo de "posiblemente se une" a "confirmado que puede presentarse".
Los valores de afinidad solo responden "se unió", no responden "cómo se unió". Péptidos con configuración espacial inestable son falsos positivos--afinidad adecuada pero conformación distorsionada, no serán presentados establemente.
Una única predicción puede sobreajustarse. Predicción estructural + validación cruzada de estabilidad conformacional, dos filtros sucesivos, aseguran que los candidatos restantes sean verdaderamente confiables a nivel atómico.
El rol de DiVo Gen²AI
La predicción de estructura pMHC es el Paso 5 del pipeline de neoantígenos de 8 pasos de DiVo, y la capacidad central CT5 del pipeline CAR-T de 5 pasos. Completamos el ciclo cerrado completo desde predicción estructural hasta validación cruzada--verificando credibilidad conformacional, excluyendo falsos positivos, con puntuación estructural participando directamente en el ranking de inmunogenicidad con peso del 25%. Esto no es una concatenación de herramientas de terceros, sino un ciclo completo de capacidades orquestado por el pipeline propio.
Los detalles de implementación subyacente--incluyendo arquitectura de modelos, cadena de herramientas, pesos propios y lógica de orquestación--no están dentro del alcance de este informe, pueden ser conectados según necesidad bajo un marco de colaboración.
Capacidad central · Pipeline de 3 pasos
Ciclo cerrado de predicción estructural desde péptidos candidatos hasta validación conformacional · Haga clic en los pasos para ver la validación subyacente
Entrada de péptidos candidatos
✓ 已验证->Recepción de resultados de predicción de unión MHC
Lista de péptidos candidatos con afinidad adecuada
Predicción de estructura 3D de pMHC
✓ 已验证Motor de predicción estructural propio de DiVo (Protenix)
Estructura 3D pMHC de todos los átomos + pLDDT/ipTM
Validación cruzada de estabilidad conformacional
✓ 已验证Motor de validación propio de DiVo
Exclusión de falsos positivos conformacionalmente inestables
Diferenciación
Diferencias clave con los pipelines tradicionales de "solo valores de afinidad"
Estructura 3D a nivel atómico reemplaza determinación puramente numérica
Los pipelines tradicionales se detienen en la determinación de unión por valores de afinidad, sin conocer la configuración espacial del péptido en el surco MHC. DiVo construye una estructura tridimensional pMHC a nivel atómico para cada candidato, verificando credibilidad conformacional con indicadores de confianza--un cambio cualitativo de "posiblemente se une" a "confirmado que puede presentarse".
Puntuación estructural participa en el ranking de inmunogenicidad
No solo visualización, la puntuación de estructura pMHC participa directamente en el ranking de inmunogenicidad con un peso del 25%. Los falsos positivos con afinidad adecuada pero configuración espacial inestable son excluidos a nivel estructural, reduciendo experimentos inútiles posteriores.
Módulos de capacidad propia de DiVo
Elementos de capacidad funcional · Todos verificados
| Módulo de capacidad | Motor subyacente | Descripción funcional | Estado |
|---|---|---|---|
| Predicción de estructura 3D de pMHC | Motor de predicción estructural propio de DiVo | Genera estructura 3D de todos los átomos del complejo péptido-MHC, con indicadores de confianza, verificando credibilidad conformacional espacial | ✓ 已验证 |
| Validación cruzada de estabilidad conformacional | Motor de validación propio de DiVo | Validación cruzada de resultados de predicción estructural, excluyendo falsos positivos con afinidad adecuada pero configuración espacial inestable | ✓ 已验证 |
| Predicción a escala de complejos multicanales | Programación de predicción por lotes propia de DiVo | Soporta predicción por lotes de sistemas complejos como péptido-receptor, tetrámero+sustrato, validación a escala, no demostración de punto único | ✓ 已验证 |
Los tres módulos de capacidad constituyen conjuntamente el ciclo cerrado completo de la predicción de estructura pMHC de DiVo: la predicción estructural proporciona la conformación -> la validación cruzada excluye falsos positivos -> la programación a escala soporta la entrega por lotes. Los módulos se conectan a través de la orquestación del pipeline propio de DiVo, no concatenación de herramientas de terceros.
Evidencia de validación · Estructura pMHC
Secuencias de péptidos anonimizadas · Indicadores de confianza son valores medidos
| Complejo | Fuente antigénica | Confianza | Puntuación global del complejo |
|---|---|---|---|
| HLA-A*02:01 + candidate peptide ① | HTLV-1 Tax | 95.4 | 0.977 |
| HLA-A*02:01 + candidate peptide ② | WT1 | 94+ | 0.96+ |
| HLA-A*02:01 + candidate peptide ③ | WT1 | 94+ | 0.96+ |
| HLA-A*02:06 + candidate peptide ④ | MAGE-A1 | 94+ | 0.96+ |
| HLA-A*02:06 + candidate peptide ⑤ | HTLV-1 Tax | 94+ | 0.96+ |
Las secuencias de péptidos candidatos de las 5 estructuras pMHC anteriores han sido anonimizadas (numeradas ①-⑤), la fuente antigénica se conserva para verificación de credibilidad. Los indicadores de confianza son valores medidos reales, no productos simulados.
Evidencia de validación · Escala operativa
Escala de proyecto anonimizada y generalizada
| Métrica | Valor | Nota |
|---|---|---|
| Proyecto operativo a escala | 千级突变 × 多版迭代 | Validación cruzada de múltiples proyectos |
| Predicción por lotes de complejos | 400+ 复合物 | Confianza máxima 95.4 |
| Confianza estructural | 95.4 | Acercándose a la precisión de cristalografía de rayos X |
| Puntuación global del complejo | 0.977 | Fiabilidad a nivel atómico |
| Validación cruzada | 通过 | Validación de estabilidad conformacional completada |
Límites honestos
Lo que podemos y no podemos hacer, claramente establecido
Lo que podemos hacer
Lo que no hacemos
Glosario
5 términos clave en predicción de estructura pMHC
| Abrev. | Nombre completo | Traducción | Explicación |
|---|---|---|---|
| pMHC | peptide-MHC complex | Complejo péptido-MHC | Complejo de péptido antigénico presentado por moléculas MHC, objetivo del reconocimiento por células T |
| pLDDT | predicted Local Distance Difference Test | Test de diferencia de distancia local predicho | Métrica de confianza de predicción estructural de AlphaFold, >90 indica alta confianza |
| ipTM | interface predicted TM-score | Puntuación TM predicha de interfaz | Métrica de confianza de interacción de interfaz de complejo proteico, >0.75 es alta confianza |
| MHC | Major Histocompatibility Complex | Complejo principal de histocompatibilidad | El "tablero de exhibición" en la superficie celular, presentando fragmentos proteicos a las células T |
| 假阳性 | False Positive | Falso positivo | Péptidos con afinidad adecuada pero configuración espacial inestable en el surco MHC, no presentados en vivo |
CAPACITY TRACE
能力回溯
这项服务由哪些能力支撑——从硅片到你的场景
硅片(L1) → 模型(L2) → Agent(L3) → 管线(L4) → 你的场景