Volver al Resumen de Cómputo en Seco
CT

Computación para Terapia CAR-T

Descubrimiento de objetivos de doble canal + diseño de novo de Binder + validación estructural 3D pMHC

Pipeline de computación en seco de 5 pasos--desde tipificación HLA + detección de variantes hasta diseño de novo de Binder CAR + validación estructural. Supera limitaciones tradicionales de scFv, usando IA para diseñar Binders proteicos desde cero, validado por Nature BME 2024.

3-5 semanas200K-800K/proyectoCobertura de Capacidad 85%

Flujo del Pipeline

Bucle de cómputo en seco de extremo a extremo

1
CT1 Tipificación HLA + Detección de Variantes
OptiType + Polysolver doble herramienta tipificación HLA-I de 4 dígitos + variantes somáticas GATK Mutect2 + anotación VEP/ANNOVAR
2
CT2 Cribado de Neoantígenos + Minería de Antígenos de Superficie
MHCflurry(14,883 alelos) cribado de neoantígenos + pVACseq + Salmon/DESeq2 expresión diferencial minería de proteínas de membrana específicas de tumor
3
CT3 Evaluación de Inmunogenicidad de Dimensión Completa
Puntuación de 5 dimensiones(afinidad30%+presentación20%+procesamiento10%+inmunogenicidad15%+estructura25%) + viabilidad de reconocimiento DeepTCR
4
CT4 Diseño de novo de Binder CAR
PXDesign + RFdiffusion + ProteinMPNN diseño de secuencias candidatas de Binder proteico de novo
5
CT5 Validación Estructural + Puntuación
Protenix(pLDDT/ipTM) + Protenix-Dock + PXMeter estructura de complejo a nivel atómico + puntuación de docking

Herramientas Principales

OptiTypePolysolverGATK Mutect2VEPANNOVARMHCflurrypVACseqSalmonDESeq2RFdiffusionProteinMPNNPXDesignProtenixProtenix-DockPXMeter

Ventajas Clave

Descubrimiento de Objetivos de Doble Canal

Cribado de neoantígenos VCF + expresión diferencial RNA-seq validación cruzada de doble canal, superando limitaciones de canal único

Diseño de novo de Binder

RFdiffusion + ProteinMPNN diseño de Binder proteico de novo, superando cuellos de botella de afinidad y estabilidad de scFv

Validación Estructural 3D pMHC

Protenix validación estructural a nivel atómico (pLDDT=95.4, ipTM=0.977), reduciendo falsos positivos

Cobertura de Capacidad

85%

Sinergia entre Pipelines

neoantigen -> CAR-T

Pipeline neoantígenos CT1-CT3 -> descubrimiento de objetivos CAR-T

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pMHC -> CAR-T

Predicción estructura pMHC -> CT5 validación estructural

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Ingeniería de Proteínas
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Desarrollo de Pipeline de Bioinformática Personalizado
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Tipificación HLA
GR
Informe de Interpretación Genómica

ENTRE CAPAS

Capacidades Subyacentes

L1 · Motores
Motores de predicción de estructura / docking / puntuación
L2 · Modelos
11 repositorios de modelos de cómputo en seco
L3 · Agentes
Automatización de orquestación multi-pipeline

ESCENARIO DE USUARIO

Cómo Esta Tecnología Sirve a los Pacientes

B2B2C: A través de hospitales/médicos, este pipeline llega a estos escenarios de usuario final

Terapia Celular CAR-T (C-end)

Enlace cruzado: página técnica B-end ↔ página escenario C-end

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